工艺利用优势底栖动物苏氏尾鳃蚓耦合微纳米孔气体分离膜与无泡透氧生物膜，通过优势底栖动物对黑臭淤积底泥进行扰动，形成污染物在上覆水和底泥中的迁移转化，引起沉积物微环境和微生物丰度、多样性及群落结构的变化；利用孔径为0.1-1μm的均质膜，该膜氧传质效率是普通曝气的3倍以上，能耗降低40%，通过膜表面微孔结构实现微纳米曝气，为上覆水提供稳定的氧气供应，改善溶解氧；无泡透气生物膜比表面积达500m²/m³，微生物负载量提升3倍以上，形成内层好氧、外层缺氧的双功能区，好氧层完成氨氮的硝化，缺氧层利用碳源进行反硝化，同时生物膜内的聚磷菌通过厌氧释磷和好氧吸磷实现除磷。建立内源污染的“底栖扰动释放-界面微环境重构-微生物群落结构改变-内源污染的削减与水质提升”关系模式，完成内源污染原位强化削减。适用于河道、内河底泥黑臭治理；湖泊、水库內源污染治理。